LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA
KLASIFIKASI MIKROBIA DENGAN METODE
NUMERIK FENETIK
Disusun oleh:
Safrudin Tri Hartanto (07640015)
Asisten :
Amel
PRODI BIOLOGI
FAKULTAS SAINS DAN TEKNOLOGI
UNIVERSITAS ISLAM NEGERI SUNAN KALIJAGA
YOGYAKARTA
©2009
A. Acara :
KLASIFIKASI MIKROBIA DENGAN METODE
NUMERIK FENETIK
B. Tujuan
Memperkenalkan dan mempraktekkan penggunaan prosedur klasifikasi numerik-fenetik dalam klasifikasi mikrobia.
C. Prosedur kerja
| Unit karakter | Unit karakter |
| Morfologi koloni Bentuk Elevasi Tepi Warna Struktur dalam Morfologi sel Bentuk Reaksi Gram Susunan sel Motilitas Karakter fisiologis Kebutuhan O2 ( NB) 48 jam Pertumbuhan pada suhu 4°C Pertumbuhan pada suhu 15°C Pertumbuhan pada suhu 40°C Pertumbuhan pada suhu 45°C Pertumbuhan pada NaCl 3,5% Pertumbuhan pada NaCl 6,5% Pertumbuhan pada NaCl 9% Pertumbuhan pada NaCl 50% | Pertumbuhan pada PH 4 Pertumbuhan pada PH 8 Pertumbuhan pada PH 9,5 Pertumbuhan pada PH 12 Produksi gas Glukosa Laktosa Sukrosa Mannitol Dekstrosa Produksi asam Glukosa Laktosa Sukrosa Mannitol Dekstrosa Karakter biokimiawi Katalase Pembentukan H2S Hidrolisis gelatin Hidrolisis pati |
D. Hasil Pengamatan
1. Tabel Rekap data karakter fenotipik bakteri uji
| Pengamatan | Isolat (OTU) | ||||
| EC | BS | SA | A | B | |
| A. Morfologi koloni | | | | | |
| Bentuk | + | + | - | - | - |
| Elevasi | + | + | - | + | + |
| Tepi | + | + | - | - | - |
| Warna | + | - | - | + | + |
| Struktur dalam | + | - | + | + | + |
| B. Morfologi sel | | | | | |
| Bentuk | + | + | - | + | - |
| Reaksi Gram | - | + | + | - | - |
| Susunan sel | + | - | + | - | - |
| Motilitas | + | + | - | + | - |
| C. Karakter biokimiawi | | | | | |
| Katalase | + | + | + | + | - |
| Pembentukan H2S | - | + | - | - | - |
| Hidrolisis gelatin | + | - | + | + | + |
| Hidrolisis pati | - | + | + | + | + |
| D. Fermentasi KH | | | | | |
| Penghasilan gas : | | | | | |
| Glukosa | + | - | - | + | - |
| Laktosa | + | - | - | + | - |
| Sukrosa | + | - | - | + | - |
| Mannitol | - | - | + | - | + |
| Dekstrosa | - | - | - | - | - |
| Penghasilan asam : | | | | | |
| Glukosa | + | + | + | + | + |
| Laktosa | + | + | + | + | + |
| Sukrosa | + | + | + | + | + |
| Mannitol | + | + | + | + | + |
| dekstrosa | + | + | + | + | + |
| E. Karakter fisiologis | | | | | |
| Kebutuhan O2 ( NB) 48 jam | + | - | - | - | + |
| Pertumbuhan pada suhu 4°C | - | - | - | - | - |
| Pertumbuhan pada suhu 15°C | - | - | - | - | - |
| Pertumbuhan pada suhu 40°C | - | + | + | - | + |
| Pertumbuhan pada suhu 45°C | - | + | - | - | + |
| Pertumbuhan pada NaCl 3,5% | + | + | + | + | + |
| Pertumbuhan pada NaCl 6,5% | + | + | + | + | + |
| Pertumbuhan pada NaCl 9% | + | + | + | + | + |
| Pertumbuhan pada NaCl 50% | + | + | + | + | + |
| Pertumbuhan pada PH 4 | + | + | + | - | - |
| Pertumbuhan pada PH 8 | + | + | + | + | + |
| Pertumbuhan pada PH 9,5 | + | + | + | + | + |
| Pertumbuhan pada PH 12 | + | + | + | + | + |
Keterangan :
EC : Escherichia coli ATCC 35218 ( Dilambangkan dengan huruf A )
BS : Bacillus subtillis ( Dilambangkan dengan huruf B)
SA : Staphylococcus aereus ATCC 25923 ( Dilambangkan dengan huruf C)
A : Strain A ( Dilambangkan dengan huruf D )
B : Strain B ( Dilambangkan dengan huruf E)
Bentuk :
Ø Irregular : +
Ø Circular : -
Elevasi :
Ø Raised : +
Ø Conveks : -
Tepi :
Ø Undulate : +
Ø Entire : -
Warna :
Ø Putih : +
Ø Transparan : -
Struktur dalam :
Ø Opaque : +
Ø Transparan : -
Bentuk sel :
Ø Bacil : +
Ø Coccus : -
Susunan sel :
Ø Tunggal : +
Ø Berantai : -
2. Hasil perhitungan dengan ketentuan :
a. Komputasi nilai similaritas
| AB : | a : 17 | AC : | a : 15 | AD : | a : 20 | AE : | a : 15 |
| b : 8 | b : 10 | b : 5 | b : 10 | ||||
| c : 5 | c : 4 | c : 4 | c : 4 | ||||
| d : 5 | d : 6 | d : 6 | d : 6 | ||||
| 62,86 % | 60 % | 82,86 % | 60 % | ||||
| BC : | a : 15 | BD : | a : 15 | BE : | a : 14 | CD : | a : 14 |
| b : 7 | b : 6 | b : 8 | b : 5 | ||||
| c : 4 | c : 6 | c : 6 | c : 7 | ||||
| d : 9 | d : 7 | d : 8 | d : 9 | ||||
| 68,57 % | 82,86 % | 69,45 % | 65,71 % | ||||
| CE : | a : 15 | DE : | a : 15 |
| |||
| b : 4 | b : 6 |
| |||||
| c : 4 | c : 4 |
| |||||
| d : 12 | d : 10 |
| |||||
| 77,14 % | 71,43 % |
| |||||
matriks similaritas (%) (X)
Strain A 100
Strain B 62,86 100
Strain C 60 68,57 100
Strain D 82,86 62,86 65,71 100
Strain E 60 62,86 77,14 71,43 100
Strain A Strain B Strain C Strain D Strain E
b. Analisis Pengklasteran
| Similaritas SSM (%) | Average linkage |
| 100 | A; B; C; D; E |
| 90 | A; B; C; D; E |
| 82,86 | (A,D); B; C; E |
| 72,86 | (A,B,D);C; E |
| 64,76 | (A,B,D,E); C |
| 54,28 | (A,B,C,D,E) |
| 50 | (A,B,C,D,E) |
| 40 | (A,B,C,D,E) |
| 30 | (A,B,C,D,E) |
| 20 | (A,B,C,D,E) |
| 10 | (A,B,C,D,E) |
c. Konstruksi Dendogram
Strain A
Strain D
Strain B
Strain E
Strain C
20 30 40 50 54,28 64,76 72,86 80 82,86 90 100
d. Evaluasi Dendogram : analisis Korelasi ko-fenetik (Y) (%)
Strain A 100
Strain B 72,86 100
Strain C 64,76 64,76 100
Strain D 82,86 72,86 54,28 100
Strain E 64,76 64,76 54,28 64,76 100
Strain A Strain B Strain C Strain D Strain E
Tabel analisis korelasi ko-fenetik :
| SSM | X | Y | X² | Y² | XY |
| AB | 62,86 | 72,86 | 3951,38 | 5308,58 | 4579,98 |
| AC | 60 | 64,76 | 3600 | 4193,86 | 3885,6 |
| AD | 82,86 | 82,86 | 6865,78 | 6865,78 | 6865,78 |
| AE | 60 | 64,76 | 3600 | 4193,86 | 3885,6 |
| BC | 68,57 | 64,76 | 4701,84 | 4193,86 | 4440,59 |
| BD | 82,86 | 72,86 | 6865,78 | 5308,58 | 6037,18 |
| BE | 62,86 | 64,76 | 3951,38 | 4193,86 | 4070,81 |
| CD | 65,71 | 54,28 | 4317,80 | 3009,62 | 3566,74 |
| CE | 77,14 | 54,28 | 5950,58 | 3009,62 | 4187,16 |
| DE | 71,43 | 64,76 | 5102,24 | 4193,86 | 4625,80 |
| jumlah | 694,29 | 660,76 | 48906,78 | 44471,48 | 46145,24 |
Koefisien Korelasi (r)
= 1,56 X100 %
=156 %
nilai r = 156 % ≥60%, maka dendogram dapat diterima
E. Pembahasan
Pada pengamatan karakter lima strain bakteri, maka telah didapatkan data matriks similaritas SSM (dalam %) yaitu SSM AB sebesar 62,86%, SSM AC sebesar 60%, SSM AD sebesar 62,86%, SSM AE sebesar 60, SSM BC sebesar 68,57%, SSM BD sebesar 82,86%, SSM BE sebesar 62,86%, SSM CD sebesar 65,71%, SSM CE sebesar 77,14%, SSM BD sebesar 71,43%.
Berdsarkan analisis pengklasteran, maka strain yang pertama kali mengklaster adalah di strain E.coli dan strain A pada similaritas 82,86%. Kedua strain yang mengklaster adalah distrain E.coli, B.Subtillis, dan strain A pada similaritas72,86%. Ketiga strain yang mengklaster adalah E.coli,B.subtillis, Strain A dan Strain B pada strain 64,76%. Dan yang terakhir, semua strain mengklaster (E.coli,B.subtillis,S.aereus, strain A, strain B) yaitu pada similaritas 54,28%.
Berdasarkan koefisien korelasi r atau penentuan nilai r, dapat didapatkan nilai r sebesar 156%. Ini berarti nilai r =156% ≥ 60% sehingga dendogram diterima.
Akan tetapi berdasarkan konsep taksospesies, strain mikrobia yang mengelompok dalam satu spesies adalah semua strain bergabung di 54,28%. Data yang diperoleh kurang sesuai dengan konsep bahwa taksospesies adalah dua strain dianggap dalam satu kelompok spesies yang sama karena memiliki indeks similaritas ≥ 70%. Kurang sesuainya data tersebut dikarenakan adanya human error ataupun kurangnya ketelitian dari saya waktu penghitungan nilai similaritas.
Pembeda dari kelima strain tersebut adalah : strain E.coli berbeda dengan S.aereus, dalam hal morfologi koloninya dan morfologi sel. Reaksi Gram dari strain tersebut juga berbeda, strain E.coli termasuk Gram – sedangkan B.subtillis dan S.aereus adalah bakteri. Pembeda yang lain adalah pada karakter biokimiawi (uji katalase), strain B menunjukkan negatif sedangkan yang lain positif, pada hidrolisis pati E.coli menunjukkan negatif, sedangkan yang lain positif. Pada karakter fisiologis kebutuhan O2 , yang menunjukkan positif adalah E.coli dan strain B.
F. Kesimpulan
Strain mikrobia yang mengelompok dalam satu spesies yang sama adalah semua strain, yaitu pada indeks similaritas 54,28 %.
Semua strain (E.coli,B.subtillis,S.aereus, strain A, strain B) mengelompok atau bergabung pada indeks similaritas 54,28 %
Nilai koefisien korelasi (r) adalah 156 %. Jadi nilai tersebut adalah ≥ 60 %, maka dendogram diterima.
G. DAFTAR PUSTAKA
Brown, A. E. 2005. Benson’s Microbiological Aplication complate Version Laboratory Manual in Gonoral Microbiology Ninth Edition. McGraw Hill Companies, inc, 1211, Avence of the Amonical. New York. Ny 10020
Harly, J. P. 2005. Laboratory Exorcises in Microbiology sixth Edition. McGraw Hill Companies, inc, 1211, Avence of the Amonical. New York. Ny 10020.
Loy, B. W. 1994. Annalisis Mikrobia Di Lahro . Jakarta : PT Raja Grafindo Persada.
Priest, F & B. Austin. 1993. Modern Bacterial Taxonomy Second Edition. Champman dan Hall. London.
Waluyo. 2008. Teknik Dan Metode Dasar Dalam Mikrobiologi. Malang : UMM Press.
Tidak ada komentar:
Posting Komentar